La Yokai Gakkou a été bâtie pendant l'époque kamakura (1185-1333) sous les ordres direct de Nurarihyon-sama, l'empereur incontesté des yokais, fatigué de la guerre incessante qui oppose les yokais aux humains. Sa décision ne fut pas accueillie avec unanimité par la plus grande partie des grandes familles qui gardait une énorme rancune face à l'encontre de cette race faible et sans réel capacités surnaturel, ce qui eu pour effet que seul les ouvriers et leur famille furent les seuls à investir les lieux dès son ouverture officiel durant l'ère Kennin (1201) avec les premiers sensei ainsi que le fils de Nurarihyon-sama qu'il nomma à la tête de l'école, faisant de lui le tout premier Kouchou.
Ce ne fut que trois ans après, grâce aux quelques familles rangée du côté de l'empereur et au pressions de ce dernier que l'école décolla enfin.
Cependant, les griefs et les rancœurs des personnes ne s'effacent pas aussi facilement qu'on le souhaiterai, l'un des grands clan de yokai, forcé à rejoindre les avis des autres familles pour ne pas être humilié, fomenta de détruire l'école depuis l'intérieur en prenant la place de l'actuel dirigeant de l'île.
Malheureusement, les pouvoirs des Nurarihyon sont énorme, on ne les nommes pas les empereurs des yokais pour rien, rendant tout duel impossible et possessions vouée à l'échec. Néanmoins, ils parvinrent à le tuer en l'empoisonnant et à prendre son apparence, leur laissant le champs libre pour diriger l'école à leur guise, la transformant peu à peu en institution militaire, gangrenant l'esprit des élèves de peurs et d’aversion envers la société des humains.
Ce ne fut que cent ans plus tard que l'on découvrit la supercherie. L'empereur excédé que son fils ridiculise ses intentions de paix, se rendit en personne sur l'île afin de le confronter. Au moment où l'empereur utilisa sa capacité de rajeunissement, il comprit, grâce à l'expression de son adversaire, que celui-ci ne pouvait en aucun cas l'imiter. Comprenant que son fils n'était plus, fou de rage et de tristesse, il fit exécuter l'usurpateur ainsi que toute la famille et se suicida. Il eut tout de même le temps de nommer à la succession de son défunt fils, un nouveau dirigeant pour l'école ainsi que l'arcane de rajeunissement, et afin que la tragédie ne se répète pas et pour confondre rapidement les usurpateurs potentiels, les directeurs ne seraient plus choisi dans les races de yokais dont l'âge excède 100 ans.
Le dirigeant de l'île, nouvellement nommé, eut toutes les peine du monde pour remettre l'école dans la direction du pacifisme, sans compter que le nouvel Nurarihyon à monter sur le trône ne voyait pas l'école d'un bon œil, d'un autre côté, il ne voulait pas que les grandes familles, toujours adhérentes aux idéologies de son prédécesseurs, ne se retournent contre lui.
Le nouveau directeur remania totalement les préceptes de l'école et de la communauté de l'île renvoyant, parfois en masse, des personnes et engageant d'autres, ce qui eut pour effet de ne pas plaire à tout le monde mais grâce au pouvoir dont il avait hérité, il pouvait aisément leur tenir tête. Sa dernière action, qui fut un imprévisible coup de théâtre pour certaine personne, fut de nommer directeur une personne extérieure à l'île, ce qui eut pour effet la démission de plusieurs membres du corps professoral.
Cela dit, bien qu'étant novice dans ce genre de domaine, le dernier directeur en date teint bon et dirigea l'école du mieux qu'il pu et elle tien toujours debout.
